郭立 园艺作物基因组学与合成生物学实验室主任
研究员，课题组长 (Principal Investigator /PI)
邮箱：li.guo@pku-iaas.edu.cn
电话：0536-6030818
研究方向：作物基因组学，生物信息学，天然产物合成生物学
实验室主页：http://www.guo-lab.site
个人简介：
2002年08月-2006年06月，西北农林科技大学，植物保护学，学士（BA）
2006年08月-2012年02月，美国宾夕法尼亚州立大学 (Penn State University) 植物病理学，博士（Ph.D.）
2012年03月-2016年08月，美国马萨诸塞大学 (UMASS) 生物化学与分子生物学系，博士后（Postdoc）
2016年09月-2020年06月，西安交通大学，电子与信息学院，副教授 （Associate Professor）
2020年07月-2021年09月，西安交通大学，电子与信息学院，教授，博士生导师 （Professor）
2021年10月-至今，北京大学现代农业研究院，研究员、课题组长（PI）
荣誉和奖励：
2023年 山东省自然科学基金“杰出青年”获得者
2022年 山东省“泰山学者”青年专家
2022年 中国科技期刊卓越行动计划优秀审稿人
2021年 潍坊市“鸢都学者”
2019年 西安交通大学第五届“十大学术新人”
主要学术兼职：
Associate Editor for Molecular Plant-Microbe Interactions (Since 2023)
Guest Editor for Plant Physiology and Biochemistry (2022-2023)
研究工作与成果：
研究方向：课题组聚焦在园艺作物功能与进化基因组学、天然产物的生物合成途径与异源合成等前沿科学技术问题，以及相关实验计算方法的开发和数据库的搭建，为作物分子育种、食品安全、制药等领域提供理论和技术支撑。研究方向包括三个方面：
1. 作物基因组学与多组学：开展园艺作物的结构与功能基因组学研究，深度挖掘作物多组学数据，鉴定作物优良性状基因，指导分子设计育种；
2. 基因组进化：利用比较基因组学手段，解析植物关键性状（次生代谢、抗病等）的演化与物种适应性。
3. 植物与微生物天然产物合成生物学：研究植物与微生物重要天然产物的生物合成途径与异源生物合成。
研究成果：课题组主导完成多个重要作物的复杂基因组序列的破译，揭示关键次生代谢通路的演化历史，解析了天然产物生物合成通路，助力开发天然产物高效生物合成细胞工厂和作物品质改良。现已发表SCI论文40篇，以第一作者或通讯作者身份在Science、PNAS、Nature Communications、New Phytologist等多个国际著名期刊上发表SCI论文26篇，参与编写专著3部，申请获批国家发明专利5项；研究成果被Nature、Science、Cell等国际顶级期刊引用过百次；近五年主持国家自然科学基金委面上项目、青年项目各一项，山东省“杰青”项目，山东省“泰山学者”青年专家项目，参与国家重点研发项目子课题1项；现担任MPMI副主编，Plant Physiology and Biochemistry期刊客座编辑；为多个国际权威期刊审稿200余次，被评为2022年度中国科技期刊卓越行动计划优秀审稿人。
本课题组常年招聘博士后，助理/副研究员和访问学者，欢迎感兴趣的有志青年学者加入和咨询！
代表性论文:
(*: Co-first author; #: Corresponding author)
1. Chen W*, Wang X*, Sun J*, Wang X*, Zhu Z*, Ayhan DH, Yi S, Yan M, Zhang L, Meng T, Mu Y, Li J, Meng D, Bian J, Wang K, Wang L, Chen S, Chen R, Jin J, Li B, Zhang X, Deng XW, He H#, Guo L#. (2024) Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaicinoid biosynthesis. Nature Communications (In Press)
2. Wang X*, Li H*, Shen T, Wang X, Yi S, Meng T, Sun J, Wang X, Qu X, Chen S#, Guo L#. (2023) A near-complete genome sequence of einkorn wheat provides insight into the evolution of wheat A subgenomes. Plant Communications. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2023.100768
3. Liu H, Wang H, Liao XL, Gao B, Lu X, Sun D, Gong W, Zhong J, Zhu H, Pan X, Guo L#, Deng XW#and Zhou Q#. (2022) Mycoviral gene integration converts a plant pathogenic fungus into abiocontrol agent. Proc Natl Acad Sci USA. 119(50): e2214096119
4. Guo L*#, Yao Hui*, Chen W*, Wang X, Ye P, Xu Z, Zhang S,Wu H#. (2022) Natural products of medicinal Plants: biosynthesis and bioengineering in post-genomic era, Horticulture Research. Vol.9: uhac223.
5. Guo L*, Winzer T*, Yang X*, Li Y*, Ning Z*, He Z, Teodor R, Lu Y, Bowser TA, Graham IA#, Ye K#. (2018) The opium poppy genome and morphinan production. Science. 362(6412): p. 343-347.
6. Wang J*, Li J*#, Li Z, Liu B, Zhang L, Guo D, Huang S, Qian W#, Guo L#. (2022) Genomic insights into longan evolution from a chromosome-level genome assembly and population genomics of longan accessions. Horticulture Research. Vol. 9: uhac021.
7. Yang X*, Gao S*, Guo L*, Wang B, Jia Y, Zhou J, Che Y, Jia P, Lin J, Xu T, Sun J, Ye K#. (2021) Three chromosome-scale Papaver genomes reveal punctuated patchwork evolution of the morphinan and noscapine biosynthesis pathway. Nature Communications.12:6030.
8. Kang Y*, Ji X*, Guo L*, Xia H*, Yang X, Xie Z, Shi X, Wu R, Feng D, Wang C, Chen M, Zhang W, Wei H, Guan Y, Ye K#, Zhao G#. (2021) Cerebrospinal fluid from healthy pregnant women does not harbor a detectable microbial community. Microbiology Spectrum. 9(3): e00769-21.
9. Wang XR*, Zhang L*, Yao G, Wang XF, Yi S, Meng T, Meng D, Chen W#, Guo L#. (2024) De novo chromosome-level genome assembly of Chinese motherwort (Leonurus japonicus). Scientific Data. https://doi.org/10.1038/s41597-023-02901-w.
10. Meng T, Jiao H, Zhang Y, Zhou Y, Chen S, Wang X, Yang B, Sun J, Geng X, Ayhan, DH and Guo L#. (2024) FoPGDB: a pangenome database of Fusarium oxysporum, a cross-kingdom fungal pathogens. Database. https://doi.org/10.1093/database/baae017
11. Guo L, Ye K#. (2019) Mapping genome variants sheds light on genetic and phenotypic differentiation in Chinese. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 17(3): p226-228
12. Guo L, Zhao G, Gao L, Xu JR, Kistler HC, Ma LJ#. (2016) Compartmentalized gene regulatory network of a pathogenic fungus Fusarium graminearum. New Phytologist. 211(2): 527-541.
13. Guo L*, Yu H*, Wang B*, Vescio K, Delulio G, Yang H, Berg A, Zhang L, Edel-Hermann V, Steinberg C, Kistler HC, Ma LJ#. (2021) Metatranscriptomic comparison of endophytic and pathogenic Fusarium-Arabidopsis interactions reveals plant transcriptional plasticity. Molecular Plant-Microbe Interactions. 34(9):1071-1083
14. Jia Y, Chen S, Chen W, Zhang P, Su Z, Zhang L, Xu M and Guo L#. (2022) A chromosome-level reference genome of Chinese balloon flower (Platycodon grandiflorus). Frontiers in Genetics. 13:869784.
15. Yao G, Chen W, Sun J, Wang X, Wang H, Meng T, Zhang L and Guo L#. (2023). Gapless genome assembly of Fusarium verticillioides, a filamentous fungus threatening plant and human health. Scientific Data. 10(1): 229. https://doi.org/10.1038/s41597-023-02145-8
16. Wang B, Yu H, Jia Y, Dong Q, Steinberg C, Alabouvette CL, Edel-Hermann V, Kistler HC, Ye K#, Ma LJ#, and Guo L#. (2020) Chromosome-scale genome assembly of strain Fo47, a fungal endophyte and biocontrol agent. Molecular Plant-Microbe Interactions. 33(9):1108-1111
17. Wang B*, Guo L*, Ye K#, Wang L#. (2020) Chromosome-scale genome assembly of Talaromyces rugulosus strain W13939, a mycoparasitic fungus and promising biocontrol agent. Molecular Plant-Microbe Interactions. 33(12):1446-1450.
18. Shao C*, Xiang D*, Wei H*, Liu S, Yi G, Lyu S#, Guo L#, Li C#. (2020) Predicting virulence of Fusarium oxysporum f. sp. cubense based on the production of mycotoxin using a linear regression model. Toxins. 12: 254.
19. Fokkens L*, Guo L*, Dora S, Wang B, Ye K#, Sánchez-Rodríguez C#, Croll D#. (2020) A chromosome-scale genome assembly for the Fusarium oxysporum strain Fo5176 to establish a model Arabidopsis-fungal pathosystem. G3: Genes, Genomes, Genetics. 10(10), p.3549-3555
20. Guo L*#, Ji M*, and Ye K#. (2020) Dynamic network inference and association computation discover gene modules regulating virulence, mycotoxin production and sexual reproduction in Fusarium graminearum. BMC Genomics. 21:179
21. Guo L, Breakspear A, Zhao G, Gao L, Kistler HC, Xu JR, Ma LJ#. (2016) Conservation and divergence of the cyclic adenosine monophosphate–protein kinase A (cAMP–PKA) pathway in two plant-pathogenic fungi: Fusarium graminearum and F. verticillioides. Molecular Plant Pathology 17(2): 196-209.
22. Guo L, Allen KS, Deiulio GA, Zhang Y, Wick RL, Ma LJ#. (2016) A de-novo-assembly-based pipeline for data mining in plant obligate parasite metatranscriptomic studies. Frontiers in Plant Science. 7: 925