作物比较基因组学与调控组学课题组
2025-05-27
课题组名称：作物比较基因组学与调控组学课题组
课题组负责人：
课题组介绍：
1、研究方向：
通过整合多组学、调控组学、比较基因组学、功能基因组学、生物信息学等相关技术手段，开展多组学整合工具开发、表型变异和适应性进化的遗传与调控机制解析、农艺性状关键基因的系统发掘与分子设计育种等方面的系统研究。
2、主要研究内容：
（1）解析小麦等作物在转录、翻译等多层次的动态调控网络，揭示产量形成与抗逆性复杂性状之间动态平衡与协同调控的遗传与分子机制；
（2）解析作物重要性状的起源、变异及演化规律，阐明基因调控网络的遗传变异与适应性进化的分子基础；
（3）开发多组学数据整合分析平台与基因挖掘工具，建立融合基因进化和调控信息的智能化分子设计育种体系。
3、主要研究成果：
课题组已在小麦等作物的基因适应性进化、农艺性状的调控组学基础、多组学辅助基因发掘与设计育种方向取得系列重要进展。在Molecular Plant (3篇)、Plant Cell、Plant Physiology等主流期刊发表28篇SCI论文。承担多项国家及省市级科研和人才项目。开发的10余个作物组学分析工具和数据库已被国际同行广泛使用，累计访问量超数十万次。
团队成员：
课题组现有成员12人，包括青年研究员1人、科研助理7人、技术员2人、访问博士生1人、访问硕士生1人。
姓名：李文静
职务：科研助理
邮箱：wenjing.li@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2018.09-2021.06东北农业大学，硕士研究生
工作经历：2024年8月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
研究方向：作物农艺性状的调控机制解析
荣誉：2019-2020 学年国家研究生奖学金；
2018-2019 学年研究生学业奖学金；
2015-2016 学年校级优秀学生干部称号；
2016-2017 学年校级三好学生称号；
文章：Jianan Zou*, Wenjing Li*, Yuting Zhang, Wei Song, Haipeng Jiang, Jingyun Zhao, Yuhang Zhan, Weili Teng, Lijuan Qiu, Xue Zhao#, Yingpeng Han# (2019). Identification of glutathione transferase gene associated with partial resistance to Sclerotinia stem rot of soybean using genome-wide association and linkage mapping. Theoretical and Applied Genetics, 134(8), 2699-2709. doi: 0.1007/s00122-021-03855-6
Xue Zhao*, WenJing Li, Xiaoyue Zhao, Jinyang Wang, Zhiyang Liu, Yingpeng Han# and Wenbin Li# (2019). Genome-wide association mapping and candidate gene analysis for seed shape in soybean (Glycine max). Crop and Pasture Science, 70(8), 684-693. doi: org/10.1071/CP19028
姓名：安鹏良
职务：科研助理
邮箱：pengliang.an@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2021.09-2024.06，海南大学，硕士研究生
工作经历：2024年8月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
研究方向：作物比较基因组学与基因组进化
文章：Sirong Jiang*, Pengliang An*, Chengcai Xia, Wanfeng Ma, Long Zhao, Tiyun Liang, Qi Liu, Rui Xu, Dongyi Huang#, and Zhiqiang Xia#. (2024). Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the SUT Family from Three Species of Sapindaceae Revealed Their Role in the Accumulation of Sugars in Fruits. Plants 13(1), 95. doi: 10.3390/plants13010095
Qi Liu*, Zixuan Li, Zihao Wang, Yanjie Lu, Sirong Jiang, Chengcai Xia, Pengliang An, Long Zhao, Ke Deng, Zhiqiang Xia#, and Wenquan Wang#. (2025). Construction of an ultrahigh-density genetic linkage map for Manihot esculenta Crantz and identification of QTL for root quantity traits. BMC Plant Biology, 25(1), 534. doi: 10.1186/s12870-025-06278-3
姓名：郇童
职务：科研助理
邮箱：tong.huan@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2021.09-2024.06，浙江理工大学，硕士研究生
工作经历：2024年8月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
研究方向：作物调控组学与表型进化
文章：Tong Huan*, Xinyu Zhang*, Minghua Lv, Haotian Zhou, Yanyan Zhao, Dongliang Yu#, and Yuqiang Sun (2025) Phylogeny-based comparative analysis of gene expression modulation upon drought stress across three cotton diploids. BMC Plant Biology, 25(1), 31. doi: 10.1186/s12870-025-06049-0
Yuqing Wu*, Rongnan Sun, Tong Huan, Yanyan Zhao, Dongliang Yu#, and Yuqiang Sun#. (2024) An insight into the gene expression evolution in Gossypium species based on the leaf transcriptomes. BMC genomics, 25(1), 179. doi: 10.1186/s12864-024-10091-x
姓名：张钰钰
职务：科研助理
邮箱：yuyu.zhang@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2021.09-2024.06，西北农林科技大学，硕士研究生
工作经历：2024年8月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
研究方向：作物翻译组学与翻译调控机制
文章：Yuyu Zhang*, Ziyi Song, Huiqi Zhao, Huan Chen and Bing Zhao#. (2024) Integrative physiological, transcriptomic and metabolomic analysis reveals how the roots of two ornamental Hydrangea macrophylla cultivars cope with lead (Pb) toxicity. Science of The Total Environment, 910, 168615. doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.168615
Jing Jin*, Ziyi Song*, Bing Zhao#, Yuyu Zhang and Ruirui Wang. (2022) Physiological and metabolomics responses of Hydrangea macrophylla (Thunb.) Ser. and Hydrangea strigosa Rehd. to lead exposure. Ecotoxicology and environmental safety, 243, 113960. doi: 10.1016/j.ecoenv.2022.113960
姓名：李义刚
职务：科研助理
邮箱：yigang.li@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2021.09-2024.06，福建农林大学，硕士研究生
工作经历：2025年1月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
研究方向：调控元件的发掘与育种利用
文章：Wenjia Wang*, Yigang Li, Changyang Cai, Qiang Zhu#. (2024) Auxin response factors fine-tune lignin biosynthesis in response to mechanical bending in bamboo. New Phytol; 241(3), 1161-1176. doi: 10.1111/nph.19398
专利：于春燕,黄平,郜洪胜,李义刚,李晓燕,张洪霞. PtTST1.1和PtTST2.1在制备促进植物生长物质中的应用[P]. 山东省:CN110283241B,2022-06-28.
姓名：梁晨
职务：科研助理
邮箱：liangchen998@foxmail.com
教育背景：2021.09-2024.06，西北大学，硕士研究生
工作经历：2025年2月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
研究方向：作物功能基因的系统发掘与验证
荣誉：西北大学二等奖学金
文章：Chen Liang*, Yihan Zhang*, Siyao Wang*, Wangbo Jiao, Jingyi Guo, Nan Zhang#, and Xiaoli Liu#. (2024) Nanomaterials in modulating tumor-associated macrophages and enhancing immunotherapy. Journal of Materials Chemistry B, 12(20), 4809-4823. doi: 10.1039/d4tb00230j.
姓名：李玲云
职务：科研助理
邮箱：lingyun.li@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2021.09-2024.06，上海海洋大学 硕士研究生
工作经历：2024年8月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，科研助理
姓名：张伟
职务：技术员
邮箱：sdsg_zw@163.com
教育背景：2010.09-2014.06青岛农业大学，学士
工作经历：2025年2月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，技术员
研究方向：作物多组学分析与可视化工具开发
文章：Kaihua Jia*, Zhaoxuan Wang, Longxin Wang, Guangyuan Li, Wei Zhang, Xiaoling Wang, Fangji Xu, Siqian Jiao, Shanshan Zhou, Hui Liu, Yongpeng Ma, Guiqi Bi, Wei Zhao, Yousry A. El-Kassaby, Ilga Porth, Guowei Li, Rengang Zhang#, and Jianfeng Mao#. (2022) SubPhaser: a robust allopolyploid subgenome phasing method based on subgenome-specific k-mers. New Phytol. 235(2), 801-809. doi: 10.1111/nph.18173.
姓名：熊英杰
职务：技术员
邮箱：yingjie.ixiong@pku-iaas.edu.cn
教育背景：2020.09-2024.06山东第一医科大学，学士
工作经历：2025年3月至今，北京大学现代农业研究院/潍坊现代农业山东省实验室，生信技术员
研究方向：单细胞数据分析与整合工具开发
文章：Tingbo Li*, Ling Yang, Jiagi Tu, Yufan Hao, Zhu Zhu, Yingjie Xiong, Qingzhu Gao, Lili Zhou, Guanglei Xie, Dongdong Zhang, Xuzhao Li, Yuxiao Jin, Yiyi Zhang, Bingrui Zhao, Nan Li, Xi Wang#, and Jie-Min Jia#. (2025) The myeloid cell-driven transdifferentiation of endothelial cells into pericytes promotes the restoration of BBB function and brain self-repair after stroke. eLife, e105593. doi: 10.7554/eLife.105593.1