单细胞组学和单分子分析平台
2024-11-29
平台名称：单细胞组学和单分子分析平台
平台负责人：
关于我们：
1、目标：
平台以细胞生物学研究为目标，结合最新的技术和科学发展趋势，开展作物单细胞多组学、空间转录组学和单分子测序方面的研究。
2、主要设施：
ONT单分子测序平台：MinlON Mk1B，MinION Mk1C，PromethlON 48，PromethlON 2 Solo，伯乐脉冲场电泳仪（Bio-Rad CHEF Mapper XA），大片段DNA回收仪（HLS2 HMW Library System）等。
空间转录组学平台：冷冻包埋仪（MILESTONE PrestoCHILL），自动电泳系统（安捷伦 4200），冷冻切片机（赛默飞CryoStar NX70），全自动显微镜（徕卡DM6B），切片自动扫描仪（3DHISTECH PANNORAMIC MIDI II）等。
单细胞组学平台：10x Genomics（10x Genomics Chromiun），百创智造（百创DG1000），Chromium X（10xGenomics），组织解离器（gentleMACC™ Octo Dissociato），细胞分选仪（BD FACSMelody™），自动化电泳系统（Agilent TapeStation 4200），正置荧光显微镜（尼康）等。
3、合作伙伴：
10´genomics、百迈客和华大等平台。
主要工作：
1、基于10´genomics、百迈客和华大平台的作物单细胞和空间转录组测序技术的开发优化和应用；
2、基于ONT的作物三代单分子超长基因组测序和直接RNA测序方法的开发和优化。
团队成员：
主要成员介绍：
姓名：张少蔓
职务：助理研究员
邮箱：shaowan.zhang@pku-iaas.edu.cn
教育背景：
2013-09至2019-01, 中国农业大学，博士；
2009-09至2013-07, 山东农业大学，本科；
工作经历：
2023-07至今，北京大学现代农业研究院，助理研究员；
2019-03至2022-10, 山东大学，博士后；
研究方向：
番茄愈伤组织再生
文章：
1. Shaoman Zhang (#) , Cong Li (#) , Yangyang Zhou, Xiaoji Wang, Hong Li, Ziyi Feng, Haodong Chen, Genji Qin, Dan Jin, William Terzaghi, Hongya Gu, Li-Jia Qu, Dingming Kang, Xing Wang Deng, and Jigang Li, TANDEM ZINC-FINGER/PLUS3 is a key component of phytochrome A signaling, Plant Cell, 2018, 30(4):835-852. (IF=12.085)
2. Pengyu Song, Shaoman Zhang, Jigang Li. Co-immunoprecipitation Assays to Detect In Vivo Association of Phytochromes with Their Interacting Partners. Methods in Molecular Biology, 2021, 2297:75-82.
3. Cong Li, Lijuan Qi, Shaoman Zhang, Xiaojing Dong, Yanjun Jing, Jinkui Cheng, Ziyi Feng, Jing Peng, Hong Li, Yangyang Zhou, Xiaoji Wang, Run Han, Jie Duan, William Terzaghi, Rongcheng Lin, Jigang Li. Mutual upregulation of HY5 and TZP in mediating phytochrome A signaling. Plant Cell, 2021, 6, koab254. (IF=12.085)
4. Xiaoji Wang, Can Guo, Jing Peng, Cong Li, Fangfang Wan, Shaoman Zhang, Yangyang Zhou, Yan Yan, Lijuan Qi, Kaiwen Sun, Shuhua Yang, Zhizhong Gong, Jigang Li. ABRE-BINDING FACTORS play a role in the feedback regulation of ABA signaling by mediating rapid ABA induction of ABA co-receptor genes. New Phytologist, 2019, 221(1):341-355. (IF=10.323)
5. Dan Jin, Ming Wu, Bosheng Li, Birte Bücker, Philipp Keil, Shaoman Zhang, Jigang Li, Dingming Kang, Jie Liu, Jie Dong, Xing Wang Deng, Vivian Irish, Ning Wei. The COP9 Signalosome regulates seed germination by facilitating protein degradation of RGL2 and ABI5. PLoS Genetics, 2018, 14(2):e1007237. (IF=6.02)
姓名：景琦琦
职务：助理研究员
邮箱：qiqi.jing@pku-iaas.edu.cn
教育背景：
2012.09至2016.06，黑龙江八一农垦大学，动物医学，本科；
2016.09至2018.06，山东农业大学，兽医，硕士；
2019.09至2023.06，江西农业大学，动物遗传育种与繁殖，博士；
工作经历：
2018.07至2019.07，黄海水产研究所，科研助理；
2023.08-至今，北京大学现代农业研究院，助理研究员；
研究方向：
植物发育与果实成熟
荣誉：
2020-2022年 三年一等学业奖学金
文章：
1. Yudong Jia, Qiqi Jing, Huaxin Niu, Bin Huang. Ameliorative effect of vitamin E on hepatic oxidative stress and hypoimmunity induced by high-fat diet in turbot (Scophthalmus maximus). Fish & Shellfish Immunology, 2017, 67:634-642. (3.148/Q1)
2. Yudong Jia, Qiqi Jing, Zhijun Xing, Yunhong Gao, Changtao Guan, Bin Huang. Effects of two different culture systems on the growth performance and physiological metabolism of tiger pufferfish (Takifugu rubripes). Aquaculture, 2018, 495: 267-272.( 3.022/Q2)
3. 景琦琦, 王振勇, 黄滨, 等. 海水鱼类不同养殖模式研究进展.水产研究, 2018, 5: 37.(RCCSE中文学术期刊)
4. Qiqi Jing, Weiwei Liu, Hanyun Jiang. Highly Efficient A-to-G Editing in PFFs via Multiple ABEs. Genes, 2023, 14(4): 908. (4.141/Q2)
专利：
实用新型专利：一种鲆鲽鱼类苗种的分级装置. 专利号：ZL 2017 2 0138450.6发明人：贾玉东；景琦琦；王振勇；黄滨；张丽丽；袁合侠。
姓名：杨恒加
职务：科研助理，生物信息工程师
邮箱：hengjia.yang@pku-iaas.edu.cn
教育背景：
2015.09至2017.07 中国海洋大学，硕士；
2013.09至2014.07 山东大学，本科（交换生）；
2011.09至2015.07 湖南大学，本科；
工作经历：
2023.05至今，北京大学现代农业研究院，科研助理；
2017.06至2023.05，华大基因研究院，助理研究员；
研究方向：
探究单细胞、空间转录组等组学技术在植物发育生物学上的应用
文章：
1. Wang Q, Guo Q, Shi Q, Yang H, Liu M, Niu Y, Quan S, Xu D, Chen X, Li L, Xu W, Kong F, Zhang H, Li P, Li B, Li G. Histological and single-nucleus transcriptome analyses reveal the specialized functions of ligular sclerenchyma cells and key regulators of leaf angle in maize. Mol Plant. 2024 Jun 3;17(6):920-934. doi: 10.1016/j.molp.2024.05.001. Epub 2024 May 7.
2. Shi Q, Xia Y, Wang Q, Lv K, Yang H, Cui L, Sun Y, Wang X, Tao Q, Song X, Xu D, Xu W, Wang X, Wang X, Kong F, Zhang H, Li B, Li P, Wang H, Li G. Phytochrome B interacts with LIGULELESS1 to control plant architecture and density tolerance in maize. Mol Plant. 2024 Aug 5;17(8):1255-1271. doi: 10.1016/j.molp.2024.06.014. Epub 2024 Jun 29.
3. Liu M, Song Y, Zhang S, Yu L, Yuan Z, Yang H, Zhang M, Zhou Z, Seim I, Liu S, Fan G, Yang H. A chromosome-level genome of electric catfish (Malapterurus electricus) provided new insights into order Siluriformes evolution. Mar Life Sci Technol. 2023 Dec 14;6(1):1-14. doi: 10.1007/s42995-023-00197-8.
4. Yang H, Wu X, Zhou Z, Chen X, Kong M. Enhanced transdermal lymphatic delivery of doxorubicin via hyaluronic acid based transfersomes/microneedle complex for tumor metastasis therapy. Int J Biol Macromol. 2019 Mar 15;125:9-16. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2018.11.230. Epub 2018 Nov 27.